De neogotische Sint-Gertrudiskerk is ruim 40 meter hoog en gebouwd tussen augustus 1870 en augustus 1872. Ze verving na jarenlang getouwtrek de oude kerk op het Oud Dorp, die vervallen was, in een uithoek van de parochie stond en na de rechttrekking van de steenweg Wetteren-Dendermonde nog meer in een verdomhoek was geduwd. In het kerkgebouw zelf staat nog heel wat 18de-eeuws meubilair uit de oude kerk. De huidige slanke toren werd pas in 1925 opgetrokken, nadat bij het begin van WO I de oorspronkelijke toren door de Duitsers was doorzeefd.
De afbraak van de oude en de bouw van de nieuwe kerk verliep niet zonder slag of stoot, ook letterlijk. De bewoners van het Oud Dorp voelden aan dat het maatschappelijke en economische belang van hun wijk door de verhuizing stilaan zou wegebben en ze verzetten zich tegen een nieuwbouw hier op de Margote. Zo ontstond een jarenlange bitse strijd tussen enerzijds de kerkraad en de burgemeester die voor het Oud Dorp kozen en de gemeenteraad en de pastoor die de Margote genegen waren. Het echtpaar J.B. Eeckhaudt-De Keyser bood in maart 1866 een eigendom van ruim een halve hectare aan om een nieuwe kerk op de Margote te bouwen. De gemeenteraad nam kort daarop de gift aan en bereidde zonder tussenkomst van de kerkraad de bouw voor. Architect Serrure senior van Sint-Niklaas werd als ontwerper van de plans aangesteld en zorgde voor een raming van de bouwkosten. De provinciegouverneur liet echter weten dat de gemeenteraad zonder de instemming van de kerkraad geen nieuwe kerk kon bouwen. De bevoegde minister van justitie van zijn kant, was van oordeel dat het de gemeenteraad toegelaten was om een nieuwe kerk te bouwen bij omstandigheden als de bouwvalligheid van de oude kerk, de verwijdering van het centrum, ontoereikende grootte enz.
Bij de gemeenteraadsverkiezingen van 1866 verloor de toenmalige burgemeester Van Brabander de stembusslag en schepen Lalemant werd gedurende drie jaar dd. burgemeester, omdat de regering weigerde een nieuwe burgervader te benoemen.
Intussen hield de kerkraad voet bij stuk en in maart 1867 lieten zij de muren van de oude kerk, toren inbegrepen, bezetten en witten, iets waartegen eerst de gemeenteraad en later ook de provinciale bestendige deputatie protesteerde. Dat had als gevolg dat de kerkmeesters de kosten van het werk uit eigen zak moesten betalen. Na verschillende herverkiezingen in de kerkraad werd de zaak uiteindelijk in augustus 1870 beslecht in het voordeel van de Margote. Bij het overbrengen van het meubilair uit de oude kerk, werden de werklieden met stenen bekogeld, een uiting van een ontgoocheling die nog geruime tijd zou aanhouden. Vele inwoners van het Oud Dorp gingen jarenlang uit protest in Uitbergen naar de kerk.
